Bộ lọc vi sinh đơn giản là nơi ở của vi khuẩn, có diện tích bề mặt lớn, nhiệt độ, pH, ôxy hòa tan phù hợp cho vi khuẩn phát triển. Trong hệ thống DWC và Media bed, người ta ít dùng lọc vi sinh vì bè, giá thể, thành bể… có thể cung cấp đủ diện tích cho vi khuẩn phát triển.
Vi khuẩn có vai trò then chốt trong hệ thống aquaponics, là cầu nối giữa chất thải của cá và phân bón cho cây. Chương 2 đã thảo luận về chu trình nitơ, đặc biệt là vai trò của vi khuẩn nitrat hóa. Chương 4 cũng đã thảo luận về các giá thể vi sinh, nơi sinh sống của vi khuẩn.