Chương này thảo luận về các quá trình sinh học xảy ra trong hệ thống aquaponic. Đầu tiên là các khái niệm chính và quá trình liên quan, bao gồm nitrat hóa. Sau đó thảo luận về vai trò quan trọng của vi khuẩn. Cuối cùng, nêu tầm quan trọng của việc cân bằng hệ sinh thái aquaponic bao gồm cá, thực vật và vi khuẩn.