Sắt có vai trò tạo ra hemoglobin giúp vận chuyển máu ở động vật, và tạo ra chất diệp lục để quang hợp ở thực vật. Không may là sắt có hoạt tính rất mạnh, khi kết hợp với chất khác, cây trồng khó mà hấp thụ được, nhất là khi pH cao.
Không giống như phân bón tổng hợp cho cây trồng trên đất hoặc dung dịch dinh dưỡng cho mô hình thủy canh, phân bón cho cây trồng trên hệ aquaponic cần đảm bảo an toàn cho cá, nếu dùng phân bón hóa học, cá sẽ chết.